一天工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤与朋友们一起来到了数码世界在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立Xros Heart团队意想不到的是在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界他们将要努力地收集水晶Code Crown来保护各个领域Zone担负起拯救数码世界的命运　　被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽经过东京大决战留在人类世界一天后相对地数码世界已经过了好几个月的时间并落入了巴古拉军支配下的地狱世界分裂为七个国家Land由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人为了让数码世界再次得到和平工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中此外本篇章亦出现全新力量超进化　　与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年天野音音的弟弟天野悠入读大器所读的中学并与大器组成Xros Heart的篮球队过着悠闲的生活而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员明石激一天明石激被卷入了数码晶界所发生的异变之中